La chiesa di San Bernardino alle ossa, situata in Piazza Santo Stefano, venne edificata nel 1269, vicino all'Ospedale di San Barnaba in Brolo e all'Ospedale di Santo Stefano alla ruota.

L'antistante cimitero divenne ben presto insufficiente per le esigenze dell'ospedale, per cui nel 1210 venne costruita una camera destinata ad accogliere le ossa provenienti dal cimitero, al fianco del quale nel 1269 sorse la chiesa di San Bernardino.

Le pareti interne dell'ossario, a pianta quadrata, sono quasi interamente ricoperte di teschi ed ossa che si trovavano nell'antico ossario, assieme a quelle riesumate nei cimiteri soppressi dopo la chiusura dell'ospedale locale, avvenuta nel 1652.

Tutte le ossa vennero disposte nelle nicchie, sul cornicione, adornando i pilastri, fregiando le porte.

Nel 1738 re Giovanni V del Portogallo venne talmente colpito dalla cappella, che decise di replicarla identica in ogni particolare a Évora, vicino a Lisbona: la cappella è nota come Capela dos Ossos.